Izrada Plana upravljanja kompleksan je i sveobuhvatan postupak koji uključuje aktivnosti s brojim zainteresiranim dionicima. Javna ustanova „Nacionalni park Krka“ istovremeno sudjeluje u izradi dvaju planova upravljanja: PU 6005 – Nacionalni park „Krka“, Bunari (HR2001492) i Šire područje NP „Krka“ (HR2000918) i PU 7006 – Krka i okolni plato (HR1000026), značajni krajobraz Krka – gornji tok i značajni krajobraz Čikola. Organiziranje radionica u sklopu projekta „Razvoj okvira za upravljanje ekološkom mrežom Natura 2000“ financira se iz Europskog kohezijskog fonda kroz Operativni program Konkurentnost i kohezija.

Plan upravljanja strateški je dokument propisan Zakonom o zaštiti prirode. Uz suglasnost Ministarstva i proceduru javnog uvida, donosi ga Upravno vijeće nadležne javne ustanove na razdoblje od deset godina. Plan mora biti usklađen s nadležnosti ustanove koja ga donosi i s ostalim regulatornim, planskim i strateškim dokumentima. Rok izrade novog Plana upravljanja je 31. listopada 2022.

Plan upravljanja PU 7006 – Krka i okolni plato (HR1000026), značajni krajobraz Krka – gornji tok i značajni krajobraz Čikola izrađuje se u suradnji s Javnom ustanovom „Priroda Šibensko-kninske županije“. U travnju 2021. počele su prve aktivnosti s dionicima. Danas su svoja iskustva, očekivanja i ciljeve međusobno podijelili predstavnici nadležnog ministarstva i jedinica lokalne samouprave, gospodarski subjekti koji djeluju na području Parka, županijski uredi i ustanove vezani za zaštitu prirode, te eminentni stručnjaci i znanstvenici. Lokalna zajednica u donošenju novog Plana upravljanja JU „NP Krka“ sudjeluje preko zakonski izabranih zastupnika. Zbog iznimno važne teme radionice, koja obuhvaća vodena staništa, ptice i druge vrste povezane s vodenim ekosustavima i međusektorsku suradnju, prisustvovali su joj dionici vezani za oba plana upravljanja.

NP „Krka“ proglašen je nacionalnim parkom zbog izrazitih geomorfoloških, hidroloških i pejsažnih vrijednosti krajolika, sa sedrom kao temeljnim fenomenom. Biljni i životinjski svijet NP „Krka“ obuhvaća brojne endemične, rijetke i ugrožene svojte (44 tipa staništa i njihovih kombinacija, 1 022 svojte biljaka, 403 vrste limnofaune, 34 svojte vretenaca, preko 200 svojti leptira, 29 svojti riba, od toga 14 endema, 9 svojti vodozemaca, 22 svojte gmazova, 235 svojti ptica, 45 svojti sisavaca, od toga 17 svojti šišmiša, i 81 svojtu podzemnih beskralježnjaka.

Natura 2000 najveća je koordinirana mreža zaštićenih područja na svijetu, proglašena s ciljem dugoročna očuvanja najvrjednijih i najugroženijih vrsta i staništa u Europi. Gotovo 50 % površine Šibensko kninske-županije spada pod Natura 2000 područje, a obuhvaća kompletnu površinu NP „Krka“. Drugim riječima, ekološka mreža obuhvaća područja u kojima se nalaze staništa divljih vrsta i stanišni tipovi čije je očuvanje značajno na razini EU. Biološku vrijednost pokazuje, prije svega, velika brojnost i raznolikost ptica koje obitavaju u NP „Krka“. Brojni šumarci i otvorene vodene površine bogate ribom, kukcima i vodenom vegetacijom idealna su hranilišta, odmorišta i gnjezdilišta za ptice. Vrstama i staništima izravno prijete klimatske promjene, negativni hidrološki trendovi, riblje i biljne invazivne vrste te korištenje prostora koje nije u skladu s vrijednostima područja.